然而，这样美好的场景并没有延续多久，几个月后，当地的豪绅们就伙同政府对农民协会发动了武装袭击，海丰县的县警察与县署地方部队300余人于1923年7月4日连夜包围了县农民协会，抓走农会干部25人。而后，豪绅武装和土匪袭击农会的事件时有发生。在这种生存的压力面前，广东农会开始武装起来，纷纷成立农民自卫军。1924年7月，国民党广州政府在共产党人的鼓动下，也赋予了农民协会自我武装的权力，并特别规定了农民自卫军的旗帜，旗为青天白日满地红旗上加一犁，旗上还可加一黄带，上书某省某县某区某乡农民协会字样。农民自卫军的成立，加上左派武装大元帅府铁甲卫队的不时支持（有时直接出面打击豪绅武装），广东农民运动才算站住了脚，并在国民党统一广东的战争中积极发挥作用，扰乱敌后，侦察带路，提供担架和后勤服务，特别是在两次东征讨陈的战役中，由于农民协会的作用，陈炯明在他的家乡成了聋子和瞎子，东征军则如有神助，很快就以少胜多彻底打垮了陈家军。这一时期应该算是国民党政府和军队与农民协会的“蜜月”。
但是“蜜月”毕竟难以持久，好梦也不会太长。此时的国民党，即使是大部分左派，对农民运动也是怀有一种矛盾的复杂心态，他们当然希望农民运动可以协助北伐军作战，也明白这种协助对于兵力明显弱小的北伐军意味着什么，从这个意义上讲，他们希望农民运动有发展。但是国民党从来就是一个大杂烩，不仅原来的军队中不少是旧习不改的军阀，而且在进军过程中，还不断地招降纳叛，吸收各地的军阀加盟，并且在军事上对这些军阀日益依赖，所以政治上自然难免要迁就。这些军阀几乎都与地方精英，尤其是风头正健的武化精英有着千丝万缕的联系，而农民运动却正在而且日益严重地侵剥着地方精英的权力和利益，所以，为了保住与旧军阀的同盟，他们又希望对农民运动加以限制。显然，当时的“左派”（除了与共产党特别接近的激进人士之外）包括握有重兵的蒋介石都有类似的心态。
早在北伐之前，广东革命政府就对农民协会的权限作了规定，农民协会没有直接的行政权，但可以就农民相关的事务行使控告、警告和代理权，不过不能越级进行；农民协会对于横暴的官吏有请求罢免的特权，但罢免须经过大会全体人员的四分之三通过，并报一个特别的由中央农民协会会同国民党中央和政府以及检察官组成的委员会通过，交由政府执行；此外，农民协会还可以派代表出席地方和中央机关有关农民问题的会议，讨论有关农民教育、救济等事宜。虽然这个规定对于农民协会干预政府权力作了种种限制，但由于同时规定了对于农民自卫军政府只有监督权，等于说它是一种独立的武装，再加上农民协会对于相当多的涉及农民问题的干预权，实际上为农民协会进一步侵剥地方权力，甚至为威胁县以上的政府机构埋下了伏笔。
当农民运动的高潮在湖南、湖北以及江西兴起的时候，组织起来的农民很快就突破了“法定”的权限束缚，引起了乡村社会的巨大变动，甚至引起了整个社会的骚动，连部分的中国共产党人也一度感到不安，提出了种种对农民运动的限制条文。
在中国现代史上，枪杆子是权力的最好象征，所以农民协会的发展首先是在武装问题上取得了权限的突破。广州政府原来规定农会的自卫武装是自己组织的，并没有要它取代其他形式的地方武装，湖南的农民运动搞起来以后，农会武装自我的思路竟然是夺取和改造团防局这种从清末就延续下来的地方武装，通过吃掉原来的地方武装充实自己。当然，盘布于湖南农村的各级团防武装，无疑是农民运动发展的障碍，但就当时的时势而言，这些团防对农会的威胁远没有广东地方武装那么大，农会对他们下手，明显是采取了某种进攻的姿态。
当时，湖南75个县都设有团防局，各区乡则有分队，名义上各县的团防是归省里的清乡督办管的，但实际上清乡督办除了长沙的团防之外，谁也管不了。团防是当时湖南由地方精英控制的主要武力。1926年7月，湖南农民协会筹备处的负责人易礼容和柳直旬等人，乘政权交替的混乱时期，从国民党省党部和省政府讨来一纸含混不清的指令，便从当时的清乡督办署强行接收了全省（名义上的）的团防。恰巧当时清乡督办是个赵恒惕时代的旧衙门，而督办罗先闺又是一个过气了的老军阀，没有什么实力，一心只想着守住自己多年搜刮来的财产，所以，农会一吓唬，督办署就作鸟兽散。长沙的团防一垮，各县随即丧失抵抗的勇气，很快，全省各地的都、团总老爷丢了枪把子，几个月内，团防大部分变成了农民自卫军。接着，农民协会的武装进一步扩大，将由旧团防改编的自卫军变成农民自卫军常备队，枪械齐全，归县农会直接指挥，此外还组织了农民挨户团，即每个农户出一男丁，配上梭镖和大刀，配合自卫军行动，这就是有名的“梭镖队”。
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