在肃反以运动的方式扩展到农村组织时，即使是一般的农民如果出现对苏维埃和党的不满的话，也会有可能被视为反革命，苏维埃政府的司法功能在肃反上得到了充分的发挥。由于几乎人人都在组织中，在组织的活动中比较容易暴露出“问题”，几乎所有纠纷和积怨都成为杀人和被杀的理由，据一些苏区老人的回忆，苏维埃的末期，接待了外地的亲戚和对上级机关的人招待不周都会因此而被视为“反革命”而遭到处决。也发生过因与肃反委员争风抢”野老婆”而被肃反肃掉了的事情。扩红的时候，经常出现捆人上送的现象。这种缺乏规矩、没有标准的严厉统治，虽然造成了人人自危的“红色恐怖”气氛，但社会控制的效果反而弱化了，农民不是成乡成村地逃往国民党区，就是干脆暗中结成宗族和乡里同盟，一起对付上级。面对日益增加的红军逃兵视而不见，使所谓的“反逃运动”流产，一起消极怠工，开会睡觉，不讨论上级布置的任务，反而大问特问上级领导“马克思的爷叫什么名字”这样哭笑不得的问题。甚至出现地方武装“拖枪反水”（叛逃），乡村苏维埃主席与国民党区域来的反革命一起喝酒，“守望队靖卫团暗藏卜壳来苏区群众大会中侦探，而群众知道不捉”的现象。
苏维埃政权是按新型的革命理念建立起来的农村权力体系，但并不是一旦确立了阶级观念的划分标准之后，农村原有的权力结构就全盘瓦解了，一切都以阶级界限来安排秩序和等级。原来的家族系统，地缘观念还会以另外的形式体现出来，家族和地域的权力纷争也依然会在农村党、军队和苏维埃内曲折地得到反映。还在湘赣边区的时代，一份来自苏区的报告曾抱怨说，“党的组织，每每一个乡村，一个支部，开起支部会来简直就等于家族会议，苏维埃的组织也是一样，边界工作的作（做）不起，这是一个主要原因”。农民党员在乡村发展组织，基本只能沿着自己的亲族血缘系统进行，因为在那个时代，农民除了血缘和地缘关系之外，很少可能有其他关系，聚族而居的村庄，发展的党员只能是本家，至多有点表亲和姻亲。即使是几个族姓合聚的村庄，农民党员选择发展对象也会更多地考虑家族血亲关系。在这种情况下，苏区地方的苏维埃政权（尤其是区、乡、村三级）就不可避免地会带上家族权力分割甚至纷争的色彩，多个族姓之间与同姓的各个宗族分支之间，原来的权力分割与平衡或者纷争，并不会由于都属于共产事业而消退，而且，在某种情况下，由于原来的家族精英群的退出，换上以党员为主体的新人，往往会因能力等方面变化的因素而导致新的权力分配。权力的分割直接意味着利益的分割，在开展土地革命这样大规模利益转换和再分配的时期（红军时期的农民分配土地大多是以乡为单位的），家族对乡村权力的份额直接会影响到该家族的利益以至于每个农民家庭的利益。这种似乎难以避免的家族纷争，势必会影响到苏区的工作，甚至使其“作不起”。
同样，就像传统社会地缘关系会在乡村权力结构中占一点份额一样，地缘关系和意识也影响到了苏维埃政权，由于历史上湘赣两省土客籍矛盾相当尖锐，所以中央苏区乡村政权中的地缘因素似乎影响更大一些，主要表现在土客籍的矛盾和纷争上。一般来说，无论土籍还是客籍，在党、苏维埃和武装组织中占的份额大一点，说话的分量就大一点。一份苏区文件提到，宁冈的土地革命，开始由于由党组织主持（党组织以土籍为主），第一次分配土地不利于山地居住的客家人，于是遭到客家领袖袁文才的反对（袁的部队虽然被正规红军收编，但实质上一直是地方武装的面目），于是又重新分配，但土籍农民则集体以瞒田不报来抵抗。实际上等于是客籍凭仗袁文才在武装部队的力量影响了地方政权的事务，而土籍则凭借在党和苏维埃的势力施行软性的抵抗。苏区的土客籍矛盾甚至在原本没有成见的上级领导印象中得以反映，一份关于湘赣边区的报告这样说道，“党内土客籍界限尚存，但是土籍的同志虽比较忠实，可惜这些忠实同志，又都是没有能力的，而且是不努力的，可以腐化的党员”。显然，这种土客籍印象不能说不是他们各自实行权力运作的部分结果，通过对上级的施加影响，增加自己一方的权力份额。土客籍虽然纷争不已，但毕竟已经在同一块土地上共处了几百年，彼此间有界限，也有混杂，其地缘的分野已经没有他们的祖先那么强了，所以大体上他们还是可以在一个苏维埃旗帜下和平共处的，如果碰到真正的外乡群体，他们的地缘排他意识就会以非常强烈的方式宣泄出来，尽管可能打的是革命的旗号。江西吉安的义富和冠田两个村庄，均为南迁的河南人，他们从河南带来了红枪会组织，经常与周围的村庄发生械斗，而且能占上风，苏维埃运动期间，这种械斗仍旧发生，而且掺进了红白斗争的色彩，由于“苏区群众”的强烈要求，当地党和苏维埃讨论这个问题时“曾有激烈的争论，但结果不消灭红枪会，则必脱离群众”，最后一致决议要消灭红枪会，认为那是一群“反动群众”，当然，红枪会很快就被消灭了。显然，这个结果与中国共产党一向争取红枪会的政策并不相符。
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