在官方文书上的伪装为关东军第659部队防疫给水部下之第731防疫饮水净化部队，实际隶属于日本陆军军医学校防疫研究室，研究内容除了研究防治疾病与饮水净化以外，更多时候是使用活体人类进行生物武器与化学兵器的效果实验。把基地建在中国东北哈尔滨附近的平房区，这一区域当时是傀儡政权满洲国的一部分。一些研究者认为超过3000名中国人、朝鲜人、蒙古人和苏联人战俘在的试验中被害，但是对于数量的多少还存在争议。
31部队在进行尸体处理日本在战时主要的生化作战研究部门分别于:
日本东京的陆军军医学校细菌武器研究室。本部
哈尔滨的关东军659部队，其设于哈尔滨平房区的本部称。人体实验
长春的关东军100部队。牲畜实验
在北京的北支甲1855部队。
设于南京的荣字16部队。
在广州的波字8604部队。
在新加坡的冈字9420部队。
而位于中国境内的研究单位主要集中于满洲国，除了研究单位以外另外有63个支队分布在各战场。
陆军军医学校细菌武器研究室
设立于日本东京陆军军医学校，位于日本东京新宿，对外称防疫研究室。
关东军659部队
本部设于哈尔滨平房区，对外称关东军队防疫给水部，其本部称为。
关东军100部队
本部设于长春，对外称关东军兽疫预防部，下设2630部队等。负责人高桥隆笃兽医中将和松有次郎兽医少将。
北支甲1855部队
本部设在北京的天坛公园西门南侧的神乐署，原国民党中央防疫处所在地，对外称华北派遣军防疫给水部，后称第151兵站医院，也被称为西村部队。
1855部队部长初为黑江，后为菊池齐。1939年，西村英二继任。下设三个课:
第1课设于协和医学院，从事细菌生物战剂的研究。
第2课设于天坛公园西门南侧，从事细菌生产。
第3课设于北海旁北京图书馆西原北平静生生物调查所和北平社会调查所，为细菌武器研究所。
此外，在济南、天津、太原、青岛、郑州、开封、郾城派驻支队等。
荣字16部队
本部设于南京中山东路原南京陆军中央医院，对外称华东派遣军防疫给水部中支那防疫给水部，又称“多摩部队”。部队长为桔田武夫中佐，副部队长兼研究课长为小林贤二少佐。下设7个课。荣字16部队在上海、南京、岳阳、荆门、宜昌等地派驻12个支队。
波字8604部队
本部设于广州原百子路中山大学医学院内，对外称华南派遣军防疫给水部。是日军在中国南部的一支重要细菌战部队。部队长先后为田中严大佐、佐佐木高行、佐藤俊二、龟泽鹿郎。下设6个课:
总务课，课长熊仓少佐少校。
细菌研究课，课长沟口少佐少校。
防疫给水课，课长江口少佐少校。
传染病治疗课，课长小口少佐少校。
鼠疫培养和病体解剖课，课长渡边少佐少校。
器材供应课，课长。
冈字9420部队
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